両親の死で心を閉ざした最強のメカパイロット、コルト・ソーン。命を救われた恩人フレイヤへの想いを胸に、彼は身分を隠して清掃員として生きていた。だが、フレイヤが裏切りに遭い、命懸けのメカ決闘へ追い込まれた時、コルトは封印した真の姿を解き放つ。伝説のシンクロ率100％を覚醒させ、最強機体『テンペスト』を駆り、人類を滅亡へ導く異星生命群に立ち向かう――！
